La cuenca del Putumayo-Içá nace en Colombia donde se encuentran las aguas de sus cabeceras en una zona alto andina. El río desciende por el lado oriental de los Andes y alcanza el llano Amazónico para servir de límite territorial entre Ecuador, Perú y Colombia, entrando finalmente en territorio Brasilero donde se une con el Amazonas.

Las aguas del Putumayo-Içá son blancas, claras y negras. Esta diversidad de aguas sirven de base para una alta diversidad hidrobiológica.